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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
22/12/2017 |
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Data da última atualização: |
21/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
VIEIRA, F. D.; MOURA, D. G. de; SILVA, D. F.; HIGA, R. H.; ZERLOTINI NETO, A. |
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Afiliação: |
FABIO DANILO VIEIRA, CNPTIA; DANILO GOMES DE MOURA; DIEGO FÉLIX DA SILVA, Programa Geneplus-Embrapa; ROBERTO HIROSHI HIGA, CNPTIA; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA. |
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Título: |
BDGF: um sistema web para recuperação de informação de genótipos e fenótipos. |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AGROINFORMÁTICA, 11., 2017, Campinas. Ciência de dados na era da agricultura digital: anais. Campinas: Editora da Unicamp: Embrapa Informática Agropecuária, 2017. |
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Páginas: |
p. 429-438. |
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ISBN: |
978-85-85783-75-4 |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
SBIAgro 2017. Na publicação: Adhemar Zerlotini. |
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Conteúdo: |
Nos últimos anos, o uso de genotipagem em grande escala de dezenas ou centenas de milhares de polimorfismos de nucleotídeo único (SNP) para estimar o perfil genômico de animais permitiu o desenvolvimento de estudos de associação genótipo-fenótipo em escala genômica (GWAS) e a introdução da tecnologia de seleção genômica em programas de melhoramento genético. No entanto, esta situação implica na necessidade de armazenamento de grande volume de dados de genotipagem, fenotipagem e pedigree de um elevado número de animais. Para integrar esse volume de dados distintos, é primordial utilizar uma estrutura de armazenamento robusta, como um SGBD. Assim, uma questão importante a considerar é o equilíbrio entre normalização e desempenho durante o estágio de modelagem de banco de dados, pois isso terá um impacto direto na usabilidade e na experiência do usuário. Buscando resolver esse problema de armazenamento eficiente e consultas rápidas num grande volume de dados, este trabalho apresenta o sistema BDGF (Banco de Dados de Genótipos e Fenótipos). Seu modelo de dados permite a implementação do tipo JSON em campos de tabelas relacionadas a fenótipos e do tipo texto em campos da tabela genótipos. BDGF foi projetado para dar suporte a projetos de criação de animais da Embrapa, mas pode ser facilmente ajustado para armazenar dados de diversas fontes, tais como dados de plantas. Além disso, o sistema implementa políticas de acesso e segurança para fenótipos, genótipos e pedigree dos animais. |
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Palavras-Chave: |
Banco de Dados de Genótipos e Fenótipos; JavaScript Object Notation; JSON; Polimorfismo de nucleotídeo único; PostgreSQL; Sistema Gerenciador de Banco de Dados; Tecnologias Java EE. |
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Thesaurus Nal: |
Databases; Genotype; Phenotype; Single nucleotide polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/169697/1/BDGF-sbiagro2017.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Soja. |
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Data corrente: |
21/05/2014 |
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Data da última atualização: |
22/05/2014 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
B - 1 |
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Autoria: |
BÜCKER NETO, L.; OLIVEIRA, R. R. de; WIEBKE-STROHM, B.; BENCKE, M.; WEBER, R. L. M.; CABREIRA, C.; ABDELNOOR, R. V.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C.; ZANETTINI, M. H. D.; PASSAGLIA, L. M. P. |
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Afiliação: |
LAURO BÜCKER NETO, UFRGS; RAFAEL RODRIGUES DE OLIVEIRA, UFRGS; BEATRIZ WIEBKE-STROHM, UFRGS; MARTA BENCKE, UFRGS; RICARDO LUÍS MAYER WEBER, UFRGS; CAROLINE CABREIRA, UFRGS; RICARDO VILELA ABDELNOOR, CNPSO; FRANCISMAR CORREA MARCELINO-GUIMARÃES, CNPSO; MARIA HELENA BODANESE ZANETTINI, UFRGS; LUCIANE MARIA PEREIRA PASSAGLIA, UFRGS. |
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Título: |
Identification of the soybean HyPRP family and specific gene response to Asian soybean rust disease. |
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Ano de publicação: |
2013 |
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Fonte/Imprenta: |
Genetics and Molecular Biology, Ribeirão Preto, v. 36, n. 2, p. 214-224, 2013. |
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ISSN: |
1415-4757 |
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DOI: |
10.1590/S1415-47572013005000017 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Soybean [Glycine max (L.) Merril], one of the most important crop species in the world, is very susceptible to abiotic and biotic stress. Soybean plants have developed a variety of molecular mechanisms that help them survive stressful conditions. Hybrid proline-rich proteins (HyPRPs) constitute a family of cell-wall proteins with a variable N-terminal domain and conserved C-terminal domain that is phylogenetically related to non-specific lipid transfer proteins. Members of the HyPRP family are involved in basic cellular processes and their expression and activity are modulated by environmental factors. In this study, microarray analysis and real time RT-qPCR were used to identify putative HyPRP genes in the soybean genome and to assess their expression in different plant tissues. Some of the genes were also analyzed by time-course real time RT-qPCR in response to infection by Phakopsora pachyrhizi, the causal agent of Asian soybean rust disease. Our findings indicate that the time of induction of a defense pathway is crucial in triggering the soybean resistance response to P. pachyrhizi. This is the first study to identify the soybean HyPRP group B family and to analyze disease-responsive GmHyPRP during infection by P. pachyrhizi. |
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Palavras-Chave: |
Ferrugem asiática da soja. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/102420/1/Identification-of-the-soybean-HyPRP-family-and-specific-gene-response-to-Asian-soybean-rust-disease.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Soja (CNPSO) |
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